El INTA cuenta con una Junta Directiva como máximo órgano de gobierno, integrada por siete miembros: cuatro representantes del sector público y tres del sector privado, lo que garantiza una gobernanza participativa y articulada entre los ámbitos estatal, productivo y académico. La presidencia de la Junta recae en el ministro de Agricultura y Ganadería o en la persona que este designe, asegurando la alineación institucional con las políticas nacionales de desarrollo agropecuario.
La estructura operativa del INTA está conformada por 180 funcionarios y un director ejecutivo, quienes, en conjunto con la Junta Directiva, asumen la responsabilidad de implementar el mandato legal de la institución, impulsando procesos de investigación aplicada, innovación tecnológica y transferencia de conocimientos hacia los sistemas productivos del país. Este equipo multidisciplinario constituye la base técnica y humana que sostiene la misión del INTA de promover un desarrollo agropecuario sostenible, inclusivo y basado en evidencia científica.
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